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Situado junto à lagoa Pequena, este Centro foi inaugurado em 2012, numa parceria entre o ICNF, I.P., o município de Setúbal e a SPEA. Possui uma zona vedada com cerca de 1,3 km², com 4 observatórios e 2 percursos para observação de aves, como o camão, galeirão, galinha-d'água, pato-real, frisada, marrequinha, pato-trombeteiro, mergulhão-pequeno, corvo-marinho, garça-vermelha ou imperial, guarda-rios, rouxinol-pequeno-dos-caniços, chapim-real, águia-pesqueira e tartaranhão-ruivo-dos-pauis. Engloba a lagoa Pequena e a lagoa da Estacada, que fica a montante, esta coberta por caniçal e separada da Pequena por um dique, tendo salgueiros e choupos junto a este. Esta zona húmida, alimentada pela ribeira da Apostiça, forma, em conjunto com a lagoa Grande (a jusante), a lagoa de Albufeira.

A lagoa de Albufeira encontra-se num sistema dunar, no seguimento da arriba fóssil da Costa de Caparica. A lagoa tem uma área aproximada de 155 ha, apresentando uma forma alongada e sendo constituída por duas áreas lagunares denominadas por lagoa Grande e lagoa Pequena. Ambas estão ligadas por um canal estreito e sinuoso, designado por Bico dos Corvos.

Este território é, no contexto da lagoa de Albufeira, considerado como o espaço singular mais relevante e o mais sensível em termos ecológicos. Esta zona é uma das cinco mais importantes da sua região europeia para um número significativo de espécies constantes do Anexo I da Directiva Aves, conferindo-lhe deste modo uma relevância especial na rede europeia de zonas húmidas.

A lagoa da Albufeira está classificada como Zona de Proteção Especial e como Sítio (Fernão Ferro/Lagoa de Albufeira) incluído na Lista Nacional de Sítios – Rede Natura 2000 A lagoa Pequena é ainda classificada como zona húmida de importância internacional incluída na Lista da Convenção de Ramsar.

A lagoa Grande está separada do mar por uma barreira arenosa e boa parte do espelho de água da lagoa está livre de vegetação. No equinócio primaveril, em geral, a lagoa é aberta artificialmente uma barra única, mas no inverno, durante temporais fortes, a barra pode abrir naturalmente. Nas zonas do litoral existe uma área de dunas. As margens da lagoa têm declives relativamente suaves, mais acentuados na zona norte.

A montante da lagoa encontra-se uma zona palustre formada por uma mancha relativamente extensa de caniçal, designada por lagoa da Estacada. Atualmente esta zona está separada da lagoa Pequena por um dique, sendo essencialmente alimentada pela ribeira da Apostiça. Junto ao dique desenvolve-se uma mancha de salgueiros e alguns choupos.

A rodear praticamente toda a lagoa encontra-se um vasto pinhal, onde se destacam o pinheiro-manso (Pinus pinea), o pinheiro-bravo (Pinus pinaster), alguns eucaliptos-glóbulo (Eucalyptus globulus) e sobreiros (Quercus suber). Por vezes, existe algum estrato arbustivo. Os terrenos agrícolas surgem normalmente nos terrenos de vale de cheia das ribeiras que desaguam na lagoa, nomeadamente as ribeiras de Aiana, Ferraria e Apostiça.